In einer privaten Forschungsinstitution werden mindestens drei Diclonii, darunter auch Lucy, unter starken Sicherheitsvorkehrungen gefangen gehalten. Diese Einrichtung wird von der Regierung finanziert und hat die Aufgabe, alle neugeborenen Diclonii zu töten, da sie sich bereits im Kindesalter in „Killermaschinen“ verwandeln können. Die noch lebenden Diclonii werden in dem Labor für grausame Forschungen missbraucht, um mehr über die Eigenschaften der Diclonii herauszufinden und einen Weg zu finden, Betroffene von dem Virus zu heilen. Lucy gelingt es, nicht wie zuerst vermutet durch Unachtsamkeit des Personals, sondern, wie sich später herausstellt, dank der Hilfe von Professor Yu Kakuzawa, dem Sohn des Generaldirektors, aus dem Hochsicherheitslabor, das sich auf einer kleinen Insel befindet, zu fliehen. Auf dem Weg nach draußen tötet sie viele Menschen und stürzt schließlich, von einem Scharfschützengewehr eines Sicherheitsbeamten am Kopf getroffen, ins Meer.
Am nächsten Tag wird Lucy, die durch den Treffer eine Persönlichkeitsspaltung erlitt, am Strand von Kohta und Yuka, zwei Studenten, gefunden und mit nach Hause genommen. Die zweite Seite von Lucy ist harmlos und besitzt nicht einmal die Gabe zu sprechen, sie sagt immer nur „Nyu“, weshalb die Studenten sie Nyu nennen (später lernt sie auch andere Worte wie „Kohta“ oder spricht einfache Sätze).
Da Lucy nach den Ansichten des Forschungslabors gefährlich ist, setzen sie eine Spezialeinheit auf sie an, um sie zurückzubringen oder zu töten. Dies schlägt allerdings komplett fehl, weil die Soldaten nicht vollständig über die Fähigkeiten von Lucy aufgeklärt wurden. So rechnet insbesondere der Soldat Bando nicht mit den in ihr verborgenen Fähigkeiten, als er Lucy im Bewusstseinszustand von Nyu traktiert. Durch die Schmerzen wieder in Lucy verwandelt, tötet sie seinen Kameraden und richtet auch ihn schwer zu, bevor sie sich, durch eine Erinnerung zurückgeholt, wieder in Nyu verwandelt.
Nachdem der erste Versuch ein Debakel war, bekommt der gehorsame Diclonius Nana (oder auch „Nummer 7“) vom untergeordneten Leiter der Forschungsanstalt Kurama den Auftrag, Lucy gefangen zu nehmen. Als es zum Kampf kommt, ist Nana zunächst im Vorteil, da ihre Vektoren eine größere Reichweite haben. Doch in einem Moment der Ablenkung, der durch Mayu verursacht wird, gewinnt Lucy die Oberhand. Sie trennt Nana alle vier Gliedmaßen ab und flüchtet schließlich, als die informierten Soldaten und Wissenschaftler als Verstärkung anrücken.
Nach diesem weiteren Fehlschlag sollte Nana eigentlich getötet werden, da sie nun keinen Nutzen mehr hat, doch Kurama, welchen Nana für ihren Vater hält, schafft es, ihr künstliche Gliedmaßen zu beschaffen und ihr mit einer Menge Geld, mit dem sie jedoch nicht umgehen kann, zur Flucht zu verhelfen. Nana wird später von Mayu, die bei Kohta und Yuka Zuflucht fand und später zu Nana ein enges Verhältnis aufbaut, gefunden und nach diversen anfänglichen Problemen in die "Familie" integriert.
Da alles nichts hilft, schicken die Forscher Mariko als ihre ultimative Waffe, um Lucy endgültig zu vernichten. Mariko, die echte Tochter von Kurama, ist ein so genannter „Super-Silpelit" mit 26 (anstatt der üblichen 4) Vektoren, die eine Reichweite von über 11 Metern haben. Tatsächlich unterliegt Lucy und verliert eines ihrer Hörner. Doch Mariko wird, bevor sie Lucy exekutieren kann, von Kurama aus dem Kampf geholt und beide sterben auf die Bitte von Kurama durch die Sprengsätze, die Mariko als Vorsichtsmaßnahme in ihren Körper implantiert wurden.
Lucy berichtet Kohta daraufhin ihre Mission, die Menschheit durch die Diclonii zu ersetzen und was es mit all dem auf sich hat. Sie erzählt ihm ebenfalls, dass sie als Kind seine Schwester und seinen Vater umgebracht hat und bittet ihn um Vergebung. Nun kehrt auch Kohtas Gedächtnis an seine Kindheit zurück. Er verzeiht ihr zwar nicht den Mord an seiner Schwester und seinem Vater, jedoch gesteht er ihr seine Liebe zu Nyu und der jungen Lucy. Nach einem abschließenden Kuss tritt Lucy vor die verbleibenden Soldaten. Die Kamera schwenkt nach oben und man sieht zwei ihrer Vektoren in die Höhe schießen. Unter starken Beschuss stehend sieht der Zuschauer ihr zweites, verbleibendes Horn blutend und abgetrennt durch die Luft fliegen.
Am Ende des Animes kommt es zu einer Szene, die viele Vermutungen zum wahren Verbleib von Lucy hervorbrachte. So wird der wieder eingekehrte normale Alltag im Haus von Yuka gezeigt, bis eine Person an der Tür klingelt. Zugleich fängt die Wanduhr, die Nyu vergeblich versuchte wieder zum Laufen zu bringen, an zu schlagen und auch die Spieluhr aus Lucys Kindheit ist zu hören. Was letztlich bleibt ist noch ein Schatten vor der Tür, der in etwa der Figur von Lucy entspricht. Genau an dieser Stelle endet Elfen Lied und lässt die Frage danach offen, wer nun wirklich vor der Tür steht und was aus Lucy geworden ist.
Quelle: Wikipedia
Thema: Elfen Lied (Anime) 
